Cùng với các thành viên khác của chi Babyrousa, loài lợn huơu Bắc Sulawesi thường được xem là một phân loài của loài Babyrousa babyrussa phổ biến, nhưng những nghiên cứu gần đây cho thấy rằng có thể có một số loài khác nhau dựa trên cơ sở địa lý, kích thước cơ thể, lượng lông trên cơ thể, và hình dạng của răng nanh trên của con đực. Sau khi chia tay, "đúng" Babyrousa babyrussa được giới hạn ở Buru và quần đảo Sula.Hầu hết các chuyên gia đều đồng ý rằng loài này là một phần của họ lợn, và là một trong những thành viên sống lâu nhất trong họ, đại diện cho một phân họ, Babyrousinae, phân nhánh ra khỏi chi nhánh của gia đình lợn (phân họ Phacochoerini) trong Oligocene hoặc sớm Miocen.